8违规收费
环保部转嫁会议费
2011年度审计报告曾“点名”批评国土资源部、环保部的违规收费“屡审屡犯”现象。
报告中指出，2010年审计，已责成国土资源部所属矿产资源储量评审中心停止违规收取矿产资源储量评审服务费，但“本次审计发现这项收费仍未停止，也未另行解决经费来源，2011年收费1064.24万元”。
“以前年度审计指出的环保部核安全中心违规变相收费问题仍未纠正”，报告中说，“2010年至2011年，该中心以核电厂建设前期设计研究名义与有关单位签订收费服务合同金额共4356万元，已收款1343万元；以中国环境科学学会的名义与6家公司签订收费技术咨询合同金额共240万元；向评审对象转嫁会议费和专家咨询费等约900万元”。
同样违规收费“屡查屡犯”的还有财政部、住建部、水利部、原铁道部、知识产权局、贸促会等6部门及其所属单位。
9违规招投标
商务部议标招承包方
为杜绝商业贿赂、贪污腐败等行为，国家制定了严格的政府采购和招投标等规定。但过去5年，商务部、文化部、环保部、住建部、知识产权局、全国社会保障基金理事会等6单位，多次被查出违规招投标。
商务部2008年被查出，将应公开招标的项目，以议标方式选定了施工总承包企业。2012年，商务部再次被查出，部分项目支出共5941.38万元未按规定公开招标。
住建部2010年被查出，该部住房保障司的“保障性安居工程统计报表信息系统”项目，以邀请招标的方式确定中标单位，中标金额198万元。
环保部2011年被查出，所属中国环境监测总站、环境规划院、卫星环境应用中心，招投标时或未公开招标，或被投标人以串通投标方式中标，涉及金额总计1720万元。
此外，各年度报告还曝出国土资源部、国家体育总局、外交部、海关总署、国家旅游局、国家测绘局等6单位及其所属单位的规避招投标“技巧”。
10假发票入账
出版总署4000万发票违规
过去5年，科技部和国家新闻出版总署，都曾两度被查出假发票或不规范发票入账问题。
科技部2010年被查出，所属北京航空航天大学收受两家工程承担单位提供的12张假发票入账，票面金额共计433.51万元。2012年又被查出，科技部部本级使用收款单位提供的已作废资金往来收据入账，涉及金额17万元；所属机关服务中心使用施工单位提供的两张假发票入账，涉及金额12.37万元。
国家新闻出版总署2009年被查出，支付的4212.80万元出版费用，未取得符合规定的发票；2010年又被查出，署本级及所属信息中心的报账凭证中，有业务真实但凭据虚假的发票432张，金额共149.9万元。
事实上，假发票或不规范发票入账，也一直是审计“顽疾”之一。
2009年度，发改委、公安部、人社部、国土资源部、卫生部、央行、国资委等16个单位，不规范发票、假发票共计约涉及金额5368.14万元。
2010年度，外交部、农业部、工商总局、国防科工局等6单位，不规范发票、假发票共计约涉及金额1796.27万元。
2011年度，国家民委、住建部、贸促会等5单位，不规范发票、假发票共计约涉及金额1088.85万元。
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