4套取資金
環保部等虛列支出套取資金
過去5年的審計報告中，環保部、民政部、質檢總局、農業部、國務院扶貧辦、中國社科院等6單位，均有2次及2次以上通過虛列支出等方式，套取資金記錄。
2005年和2006年，原環保總局在核與輻射安全技術審評項目中，虛報冒領並撥付給自行批准設立的原環保總局輻射監測技術中心監測工作經費300萬元。
2008年，環保部在中央編辦未批復所屬國家衛星環境應用中心人員編制的情況下，虛報該中心2008年度人員經費預算198.39萬元。
環保部所屬的中國環境科學學會，則在2006年至2008年，以編造虛假人員名單等方式虛列支出，套取財政專項資金56.14萬元，用於發放勞務費等。
農業部，2004年至2008年，所屬一單位利用偽造的178張“電話卡話費收據”報銷后，套取資金15.29萬元，違規發放給該中心領導班子等﹔2008年，所屬一單位申報購房補貼預算時，虛增134人，多申報252.83萬元﹔2010年，所屬兩單位以績效工資名義，從課題經費中向單位在職人員發放津補貼85.69萬元。
5資金“托管”
工信部違規滯留兩億資金
過去5年，商務部、工信部、中國科學院都曾兩次被查出資金“托管”問題，即將資金交給其他單位代為核算、代為管理。
商務部2007年和2008年，將400萬元專項資金撥付給與項目毫無關系的一家公司代管﹔2009年，又將本級收入5113.79萬元，存放在所屬單位，未按規定納入部本級賬戶核算管理。
工信部2009年被查出，其電子發展基金創業風險投資項目應直接上繳財政的項目分紅和股權轉讓收益等共計人民幣1.46億元、美元1118.21萬元，滯留在盈富泰克創業投資有限公司。
2012年，工信部又被查出，所屬軟促中心通過簽訂虛假設備租賃合同，將科技重大專項資金416.2萬元，轉移至兩家民營企業，在扣除37.27萬元手續費后，將余額以服務費名義，轉回部屬其他單位。
6資金閑置
財政部資金閑置三度被點名
2009年度、2010年度、2011年度的審計報告，三度提及財政部“三裡河二區一號辦公業務用房危舊房改造”項目引發的資金閑置問題。
如2009年度報告，“截至2009年底，財政部2006年以來安排的三裡河二區一號辦公業務用房危舊房改造資金累計5477萬元，實際僅支出410.37萬元”﹔“項目進展緩慢，預算資金閑置5066.63萬元”。
2010年度報告，“‘三裡河二區一號辦公業務用房危舊房改造’等2個項目立項至今已逾5年，尚未動工”﹔“截至2010年底，項目結余（結轉）5580.68萬元，資金長期閑置”。
2011年度報告，“由於實際拆遷費用大大超出概算，‘三裡河二區一號辦公業務用房危舊房改造’項目立項后未能動工已近6年，至2011年底結存資金4998.32萬元”。
7資產流失
質檢總局出租房屋牟利
通過出租房屋牟利，由此導致國有資產（資金）流失，或陷入流失風險，此系審計頑疾。
過去5年報告中，質檢總局、外交部、安監總局、國家旅游局、國防科工局、貿促會等6單位，多次上了“頑疾榜單”。
例如質檢總局。2008年審計查出，質檢總局及所屬機關服務中心未經批准，將非經營性資產轉為經營性資產，收取的租金3326.69萬元未按照“收支兩條線”規定進行管理。
2009年再次查出，質檢總局將辦公樓和行政辦公用房各一處，分別委托給所屬單位管理或出租，把收取的資產佔用費400萬元作為事業收入、租賃費340萬元作為經營收入。其9個直屬局和計量院，未及時上繳固定資產出租、處置等收入7668萬元。
2011年又查出，質檢總局所屬北京出入境檢驗檢疫局出租行政單位辦公用房取得收入23.03萬元，未按規定及時上繳財政。
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